返点和绩效考核
销售返点是医药行业的一大特色，作为实现销售目标的重要手段被医药企业广泛灵活的加以应用。为监督执行效果，企业必须全程及时跟踪协议执行情况，工作量相当大且困难。此外还需要对业务人员的业绩进行评估，考核的主要指标有回款额、账期、分品种确定提成比例等。
流程审批过程比较多，手工操作效率低
由于医药价格体系复杂、相关法规管控等原因，很多业务流程都需要经历多步骤的审批环节。在手工方式下，人员要跑上跑下，经过多个环节后才可能完成，效率很低。
随着医药行业的发展，医药管理信息化已经是不可阻挡的趋势，药店管理系统设计，而因为医药管理行业的特殊性，要想实现真正的医药管理信息化，不仅仅要求软件开发商有较高的技术能力，药店管理系统构成，更重要的是软件开发商还应具备实际方面的管理经验，不单单要做好市场调查，鹤壁药店管理系统，还要有较强的对医药行业整体流程的一个把握。
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质量检验复杂
制药企业的质量检验一般包括检数和检量方式，物料检验指标也有多种，最终检测结果需要复杂的计算。检验人员往往需要花很长的时间才能出具检验报告，直接影响物料的入库效率。
设备管理
良好的品质依赖符合设计状态的正常运转的设备。GMP对生产和辅助设备也有严格的管理要求。
分销管理容易失控 制药企业一般多会在全国大中型城市设置分销外点，药店管理系统原理，各分销点负责企业产品在当地的销售业务。企业需要及时掌握外点库存、账款状况、资金、药品质量状况，以便调整生产和营销计划。原来手工作业配合电话传真的管理方式容易造成信息失真。既影响企业了解各地的实际经营状况，又不利于质量的保证与跟踪。
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